Sono ospitate presso il Polo Universitario dell'Azienda Ospedaliera San Paolo 12 Scuole di Specializzazione (Anatomia Patologica II, Malattie del Fegato e del Ricambio, Ostetricia e Ginecologia, Pediatria, Oftalmologia, Allergologia e Immunologia Clinica, Chirurgia Toracica, Chìrurgia Maxillo-Facciale, Medicina Nucleare, Radiologia, Radiodiagnostica, Radioterapia), nonché sezioni distaccate dei Diplomi Universitari (cosiddette Lauree Brevi) per infermieri, fisioterapisti, igienisti dentali.
Il Polo Universitario dell'Azienda Ospedaliera San Paolo è frequentato da oltre 1000 studenti, di cui circa 600 frequentano i corsi dal primo al sesto anno del Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia, ed i restanti quelli degli altri corsi sopra ricordati.

L'Azienda Ospedaliera San Paolo ha concesso in uso all'Università degli Studi di Milano il corpo centrale del complesso ospedaliere: qui l'Università, con un cospicuo investimento finanziario, ha realizzato una struttura didattica d'avanguardia, con sei aule, una biblioteca, un'aula microscopia, un'aula d'informatica, una per audiovisivi ed infine una dedicata esclusivamente all'utilizzo di simulatori clinici. Un particolare del tutto unico è costituito poi dalla presenza di una serie di piccole aule dedicate esclusivamente allo studio ed all'insegnamento in piccoli gruppi.

Il gruppo di docenti universitari che l'Università degli Studi di Milano ha distaccato presso l'Azienda Ospedaliera San Paolo è sempre stato particolarmente impegnato nella realizzazione di modalità di insegnamento altamente innovative. Va peraltro aggiunto che la collaborazione del personale ospedaliere, a tutti i livelli di responsabilità, è sempre stato un punto di forza del Polo stesso che ha così realizzato un vero e proprio centro per la formazione alle professioni sanitarie che ha visto fiorire ed affermarsi una stretta integrazione fra realtà sanitarie ed esigenze formative.

Egualmente significativa è la produzione scientifica del Polo, che vede impegnati in una stretta collaborazione sia la componente universitaria che quella ospedaliera.

Da ultimo, il Polo Universitario dell'Azienda Ospedaliera San Paolo è sede del Dipartimento di Medicina Chirurgia e Odontoiatria, il più consistente Dipartimento Universitario della omonima Facoltà: esso ospita ben 100 tra Professori Ordinari, Professori Associati, Ricercatori, e circa 50 unità di personale amministrativo.